Inštitúcie charitatívneho, sociálneho a liečiteľského charakteru tzv. špitále evidujeme v Európe od 12. storočia. Na ich vzniku sa popri mníšskych a rytierskych reholí začali postupne uplatňovať bohatí šlachtici, patricijovia, ba aj samotné mestá. Špitáli zabezpečovali trvalý útulok a zdravotnú pomoc starým, nevládnym a nemajetným obyvateľom mesta s limitovaným počtom účastníkov. V Uhorsku k rozšíreniu špitálov dochádza v 14. storočí. Na strednom Slovensku bol najstarší špitál v Banskej Štiavnici, ktorý vznikol už koncom 13. storočia pri tamojšom dominikánskom kláštore.
E. Jurkovič v Dejinách Banskej Bystrice kladie počiatky špitála sv. Alžbety do predmestského obdobia (pred rok 1255) a M. Bel považuje za fundátorov špitála zakladateľov mesta na čele s richtárom Ondrejom. Podľa tejto tradície stál kostol sv. Alžbety údajne skôr ako farský kostol Nanebovzatia P. Márie a jeho súčasťou boli polia, lúky, záhrady a poddaní bývajúci v dnešnej Dolnej ulici (7 domov). Túto legendu nepodporil I. Graus, ktorý začiatky banskobystrického špitála kladie do druhej tretiny 14. storočia. V tom čase už bola stavebne dokončená výstavba farského kostola (1323), pričom farári farského kostola mali oprávnenie vykonávať bohoslužobné obrady v sakrálnom objekte špitála sv. Alžbety.
Pre ďalšiu históriu banskobystrického špitála má rozhodujúcu úlohu dokument publikovaný v diele C. Matulaya z 3. augusta 13/6/3 „mešťan Peter Karoli a farár Štefan z Banskej Bystrice uzavierajú zámennú zmluvu, týkajúcu sa tamojšieho Špitála sv. Alžbety:
1. mestský farár sa vzdáva špitálskych benefícií v prospech troch špitálskych kaplánov, ktorí budú od neho nezávislí.
2. kapláni budú mať právo pochovávať pri špitálskom kostole.
3. Peter Karoli (ako patrón Špitála) odstupuje zato farskému kostolu večitým právom 8 poddaných a jatku.“
14. augusta 13/6/3 „Ostrihomský arcibiskup Mikuláš potvrdzuje zámennú zmluvu Petra Karoliho a farára Štefana z 3. augusta o banskobystrickom Špitáli sv. Alžbety.“ Originál listiny sa nezachoval. V odpisoch nedopatrením, alebo úmyselne: zmluva číslo 22 je datovaná „Anno millesimo tricentesimo tercio“, konfirmácia č. 23 „Anno ut supra“. To je nesprávny letopočet, z ktorého bolo vynechané desaťročie. Rok 1303 neprichádza do úvahy, lebo vtedy bol ostrihomským arcibiskupom Gregor. Najskôr ide o rok 1363, kedy fungoval farár Štefan i arcibiskup Mikuláš a ešte žil Peter Karoli a Ľudovít Veľký bol v tom roku na ľupčianskom hrade, kde bola spomínaná listina arcibiskupom Mikulášom potvrdená.
Zo zmluvy, ktorá následne ovplyvnila postavenie špitála do roku 1524, vyplývalo majiteľovi Komorského domu (dnes budova Riaditeľstva štátnych lesov) patronátne právo nad špitálom. Treba mať na pamäti, že banskobystrický špitál v tom čase pozostával z kostola sv. Alžbety, budovy chudobinca, rektorátu a dvoch mlynských hospodárstiev, inými slovami povedané, jeho rozmer nebol len duchovný či sociálny, ale tiež ekonomický, a ten v konečnom dôsledku zvyšoval záujem o patronátne právo nad špitálom.
Vlastníctvo Komorského domu a z toho odvodené patronátne právo nad banskobystrickým špitálom bolo vždy spojené s najbohatšími mužmi v Banskej Bystrici. V kronikách mesta čítame po Karoliho smrti v roku 1379 (novšia literatúra označuje menom Karl) jeho synov Mikuláša a Ondreja. V polovici 15. storočia sa nástupcom Petra Karla stáva Štefan Jung, ktorý roku 1466 predáva svoj majetok kráľovskému pokladníkovi Jánovi Ernstovi. Matej Korvín roku 1473 odňal Ernstovi tzv. Jungovské bohatstvo v prospech matky Jána Korvína. Správcom Korvínskeho majetku bol banskobystrický podnikateľ Juraj Sturzer až do príchodu Thurzovcov do B. Bystrice. Ján Korvín totiž 20. 9. 1494 prenajíma svoje dedičstvo Jánovi a Jurajovi Thurzovi, ale len na krátky čas. Dedičia Jána Ernsta súdnou cestou 1. 12. 1494 získavajú späť odňatý majetok svojho strýka, aby ho 26. 12. 1494 opäť prenajali Thurzovcom.