Udalosti začiatku 16. storočia sú pre nás známe. Znechutení Thurzovci opúšťajú nielen Banskú Bystricu, ale celú Thurzovsko – Fuggerovskú spoločnosť. Na scénu prichádzajú Fuggerovci, ktorí po známych udalostiach v rokoch 1525-1526 sa dali uprosiť Ľudovítom II, aby naďalej viedli mediarsky podnik so sídlom v Banskej Bystrici.
Špitálski kňazi, rektor a dvaja kapláni riadili špitál nielen po stránke duchovnnej, ale aj ekonomickej. Preto obsadzovanie miesta rektora bolo zo strany patróna špitála pozorne sledované. Za najstaršieho rektora je považovaný syn Štefana Junga Jakub v polovici 15. storočia. Na začiatku 16. storočia to bol Ján (syn Michala Königsbergera) a po ňom Klement Selecký (1514 – 1533), za ktorého dosiahol špitál sv. Alžbety najväčší rozmach. Práve na jeho žiadosť Ľudovít II. udeľuje novou donáciou výsady a majetkové práva špitálu, pretože tie predošlé údajne ľahli popolom (v kronikách mesta sa nikde nespomínajú pôvodné výsady špitála a postup rektora Klementa veľmi pripomína činnosť mestskej rady v prípade stratených mestských privilégii). Nakoľko výsady zabezpečovali nezávislosť špitála, uvádzame ich v plnom znení podľa C. Matulaya.
15. júl 1524 Budín
Ľudovít II. udeľuje na žiadosť rektora Klementa novou donáciou výsady a majetkové práva Špitálu sv. Alžbety v Banskej Bystrici, pretože privilegiálne listiny špitála zhoreli „anno superiori“ roku (1500) pri požiari mesta.
Výsady a práva:
1. Špitál má 13 poddaných v Špitálskej ulici, 5 v Hornej ulici, 2 na konci Hornej ulici a 2 v záhrade Dolného mlyna.
2. Špitálu patria dva mlyny na potoku Bystrica.
3. Iný mlyn sa na území mesta nesmie postaviť ani na uvedenom potoku ani na rieke Hron.
Obyvatelia mesta smú mlieť obilie a slad jedine v špitálskych mlynoch.
4. Do mesta neslobodno dovážať múku zomletú inde.
5. Cudzie osoby z mesta nesmú vyvážať pšenicu na vozoch, ale len na koňoch v množstve nepresahujúcom ich vlastnú potrebu, ináč sa náklad zhabe v prospech špitála.
6. Iný špitál sa nesmie v B. Bystrici zriadiť.
7. V špitálskom zaopatrení môžu byť len banskobystrickí občania v maximálnom počte 24 osôb.
8. Panovník na žiadosť menovaného rektora zakazuje banskobystrickej mestskej rade požadovať pri popravách povozy zo špitálskych mlynov na dopravu rebríkov a iného náradia na popravisko.
Po Klementovi roku 1534 nastupuje do funkcie ďalší úspešný rektor Krištof Kindermann. Imanie špitála rozšíril vybudovaním mostu cez Bystricu pri Hornom mlyne, vybudovaním kúpeľov pri rieke Hron, zriadením jedálne a vytvorením štrnástich záhrad, ktoré dal do prenájmu. Rozšíril špitálsku knižnicu a skvalitnil vybavenosť kostola sv. Alžbety. Potom ako špitál prešiel roku 1545 pod mestskú správu, zo svojej funkcie abdikoval a na jeho miesto prišiel Jozef z Berouna, už prívrženec reformácie. Neočakávanú smrť rektora Jozefa 10. 7. 1545 využil banskobystrický notár Michal Steger na dosadenie do tejto funcie vlastného syna Rafaela roku 1546 ešte ako študenta Krakovskej univerzity. Rafael však úrad rektora vykonával až po skončení štúdia od roku 1551. Až do svojej smrti roku 1576 zamestnával Rafael mestkú radu svojím hýrívým životom, defraudovaním špitálskeho majetku a k vierovyznaniu sa hlásil počas rektorovania, aké bolo pre neho právo výhodné.
Transformácia špitála na útulok sv. Alžbety je už novou kapitolou v dejinách Banskej Bystrice, o ktorej niekedy nabudúce.
